北京亦庄实验中学国际课程体系与北京十一学校国际部一脉相承。学校引入中美合作项目（AP），该项目课程与学校国家课程共同构成国际教育的课程体系。
通过国家课程校本化开发与实施，亦中国际课程构建了一套分层、分类、综合、特需的课程体系。引入的AP课程使用英语作为教学语言，目前规划开设 AP 课 16 门，涵盖英语语言、英语文学、数学、物理、化学、生物、经济、心理、艺术、统计、计算机等。
国际课程项目的师生配比1:5，有一支非常精干的中外教师团队，其中毕业于美国、英国等国家知名学府的外籍教师5人，多名外教有丰富的国际项目教学与管理经验。中方教师团队由北京市十一学校国际教育的开创者、985名校毕业的博士与取得海外名校硕士学位的海归教师组成，多位教师在十一学校国际部有三年左右的任教经历，教育教学与辅导国际竞赛成绩突出，辅导学生多次在美国学术十项全能比赛和丘成桐科学奖总决赛中获大奖。
在学科教室、学制设计、评价体系及升学指导等方面， 亦中的国际课程项目与十一学校国际部有很多共通之处，实现资源共享。为给学生提供更多自主选择的空间，亦中国际课程项目实施了“大小学段制”。每个学期分两个大学段和一个小学段。大学段进行统一课程的集中学习；两个大学段之间设置一个为期两周的小学段，这期间将不安排统一的学习内容，学生可以根据自己的学习需求，制定自主学习规划，既可到校进行自主学习，也可到校外社会实验基地进行体验学习等。小学段的设置将使学生的自主学习能力得到锻炼与提升。
国际课程实施过程性评价，引导学生关注自己的学习过程，随时随地记录与反馈，以便学生有针对性地调整自己的学习和行为状态。过程性评价将成为学生学习动力的推动器，引导学生学会对自己的行为负责。同时，十一学校的海外大学咨询中心将发挥资源优势，为亦中国际部学生提供大学升学指导与参加各类海外大学咨询见面会的机会，帮助学生厘清志向、合理规划、实现理想。
